의공학부의 졸업 후 진로는 매우 다양하다. 먼저, 의료기기를 전문적으로 다루는 대기업 및 의료기기 업체, 전기·전자 및 컴퓨터 관련기업 등의 산업계, 그리고 대·중형병원 등에 취업이 가능하며, 관련 분야 대학원에도 진학할 수 있다.

최근 정부에서는 고부가가치 산업인 전자의료기기 산업을 육성하기 위한 의료기기 기술 개발촉진에 관한 법을 제정하는 등 의공학 분야 육성에 박차를 가하고 있어 의공학 관련 전문 인력의 수요가 증가할 것으로 전망된다.

• 국가기관 및 연구소
  식품의약품안전처, 한국과학기술원, 한국전기연구원 전자의료기기연구센터, 한국원자력의학원, 한국뇌연구원, 한국표준과학연구원, 한국생명공학연구원, 한국화학연구원, 한국한의학연구원, 한국화학융합시험연구원 등
• 의료기기 시험원
  한국산업기술시험원, 한국의료기기기술원, 한국의료기기평가연구원 등
• 산업체
  생체계측기기, 영상진단기기, 정형외과용 의료기기, 재활의료기기 등의 의료기기 제작 및 개발 업체, 삼성전자·LG전자 등의 전자공학분야 대기업, 진단키트 및 센서·의료용 소재·화장품·건강식품 등 제작 및 개발 업체, 대형 제약회사 등 의약품 분야 기업 등
• 병원
  국내 중·대형 종합병원
• 진학
  다양한 의공학 관련 대학원 석·박사 과정 진학

의공(산업)기사, 의지보조기기사, 전자(산업)기사, 전기(산업)기사, 정보처리(산업)기사, 디지털제어산업기사 등 의공관련 또는 전기·전자 및 컴퓨터 관련 기사 자격증